吉貝嶼全島面積約3.1平方公里，海岸線長約13公里，是北海最大的島嶼，國內最熱門的旅遊景點。全島地勢東高西低，由海積地形組成的美麗沙灘及沙嘴，為本島最大的地形特色，沙灘位本島西南，由西崁山向南延伸；在沙灘的盡頭，因受海流影響而形成伸入海中的沙嘴，全長700餘公尺，最寬處約200公尺，島的四周有許多大小石滬聚集，總計約有八十餘座，與七美並列兩大漁場。距離赤崁約五浬，航程約廿分鐘。

魟灣仔曾經是一個獨立海上的玄武岩礁，現已和吉貝嶼合為一體。在魟灣仔到吉貝村的途中有一塊標高16公尺的東崁高地，高地附近的原野是吉貝島上最大的細繩紋陶史前文化遺址，下面藏著距今約四千五百年前的文物。


吉貝島不僅是北方的漁場，由於潮差甚大，它擁有廣大的潮間帶，使得早期的先民體驗出利用潮差來捕魚的觀念，於是利用周邊的玄武岩與珊瑚礁，趁著每天退潮時堆砌石滬，用來捕魚。 根據記載，在清朝乾隆年間徵收「滬稅」 時，吉貝便擁有1口大滬、4口小滬，可見石滬的建造遠在清乾隆以前便有了。


吉貝嶼海域石滬密佈，有88座之多，佔全縣574座石滬的近七分之一，居全臺之冠。退潮時，從魟灣仔可以涉水走到西北方的過嶼。魟灣仔東西兩側沿岸石滬密集，數量約佔吉貝石滬的一半（約40個）。這種居民利用潮間帶，以玄武岩堆砌的石牆所形成的捕魚陷阱，是吉貝嶼最具特色的一項人文景觀。


「沙尾海灣」有一道長達800公尺的沙灘直伸海際，綿延數公里，晨昏駐足其間，看藍天碧海、黃金沙灘，有如置身夢境。